References

kamniro

Исследования водных биологических ресурсов Камчатки и северо-западной части Тихого океана

The researches of the aquatic biological resources of Kamchatka and the North-West Part of the Pacific Ocean

2072-82122782-6236

«КамчатНИРО»

10.15853/2072-8212.2019.53.41-56

kamniro-102

Research Article

ОРИГИНАЛЬНЫЕ НАУЧНЫЕ СТАТЬИ

FULL ARTICLES

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ НЕРКИ ONCORHYNCHUS NERKA (WALBAUM, 1792) БАССЕЙНА Р. КАМЧАТКИ

GENETIC DIFFERENTIATION OF SOCKEYE SALMON ONCORHYNCHUS NERKA (WALBAUM, 1792) IN THE BASIN OF KAMCHATKA RIVE

Пильганчук

О. А.

Pfilganchuk

O. A.

pfilganchuk.o.a@kamnfiro.ru

Шпигальская

Н. Ю.

Shpfigalskaya

N. Yu.

Денисенко

А. Д.

Denfisenko

A. D.

Савенков

В. В.

Savenkov

V. V.

Камчатский филиал Всероссийского научно-исследовательского института рыбного хозяйства и океанографии («КамчатНИРО»)РоссияKamchatka Branch of All-Russfian Research Instfitute of Ffisherfies and Oceanography (“KamchatNIRO”Russian Federation

2019

23052020

1534156

2020

Пильганчук О.А., Шпигальская Н.Ю., Денисенко А.Д., Савенков В.В.

Pfilganchuk O.A., Shpfigalskaya N.Y., Denfisenko A.D., Savenkov V.V.

This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.

https://kamniro.elpub.ru/jour/article/view/102

Исследована аллельная изменчивость десяти микросателлитных локусов нерки (Ots107, Okfi1a, Okfi1b, One104, One109, OtsG68, Omm1037, Okfi6, Ots100, Ots2) в бассейне р. Камчатки. Включенные в анализ выборки образовали несколько генетически обособленных групп: «оз. Азабачье» (ранняя и поздняя), «верхнее течение р. Камчатки», «среднее течение р. Камчатки». На долю межгрупповой компоненты молекулярного разнообразия приходится 1,83%, что превосходит дисперсию между выборками внутри групп (0,56%).

Allelfic varfiabfilfity of ten mficrosatellfite locfi of sockeye salmon (Ots107, Okfi1a, Okfi1b, One104, One109, OtsG68, Omm1037, Okfi6, Ots100, Ots2) fin the basfin of Kamchatka Rfiver was examfined. The samples analyzed have demonstrated several genetfic-dfistfinct groups: of “Azabachye Lake” (early and late), of “the upper part of Kamchatka Rfiver”, of “the mfiddle part of Kamchatka Rfiver”. The part of the fintergroup component of the molecular dfiversfity was 1.83%, that exceeds the dfispersfion between the samples fin the groups (0.56%).

НЕРКАМИКРОСАТЕЛЛИТНАЯ ЯДЕРНАЯ ДНКПОПУЛЯЦИОННО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИЗМЕНЧИВОСТЬГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ

SOCKEYE SALMONMICROSATELLITE NUCLEAR DNAPOPULATION GENETIC VARIABILITYGENETIC DIFFERENTIATION

References1

Алтухов Ю.П. 1974. Популяционная генетика рыб. М.: Пищ. пром-сть. 245 с.

Altukhov Yu.P. Populyatsfionnaya genetfika ryb [Ffish Populatfion Genetfics]. Moscow: Pfishchevaya Promyshlennost, 1983, 245 p.

Алтухов Ю.П. 1983. Генетические процессы в популяциях. М.: Наука. 279 с.

Altukhov Yu.P. Genetficheskfie protsessy v populyatsfiyakh [Genetfic Processes fin Populatfions]. Moscow: Akademknfiga, 2003, 279.

Алтухов Ю.П., Салменкова Е.А., Омельченко В.Т. 1997. Популяционная генетика лососевых рыб. М.: Наука. 288 с.

Altukhov Yu.P., Salmenkova E.A., Omelchenko V.T. Populyatsfionnaya genetfika lososevykh ryb [Populatfion Genetfics of Salmonfid Ffishes]. Moscow: Nauka, 1997, p. 288.

Брыков Вл.А., Полякова Н.Е., Подлесных А.В. 2003. Дивергенция митохондриальной ДНК в популяциях нерки (Oncorhynchus nerka Walbaum) озера Азабачьего (Камчатка) // Генетика. Т. 39. № 12. С. 1687–1692.

Brykov V.A., Polyakova N.E., Podlesnykh A.V. Dfivergence of Mfitochondrfial DNA fin Populatfions of Sockeye Salmon Oncorhynchus nerka Walbaum from Azabach’e Lake (Kamchatka). Russfian Journal of Genetfics, 2003, vol. 39, no.12, pp. 1432–1437. (In Russfian)

Бугаев В.Ф. 1986. Методика идентификации в уловах прибрежного и речного промысла особей основных локальных стад и группировок нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum) в бассейне р. Кам- чатка // Вопр. ихтиологии. Т. 26. Вып. 4. С. 600–609.

Bugaev V.F. Method of fidentfifyfing findfivfiduals of the prfincfipal local populatfions and groups of Oncorhynchus nerka (Walbaum) of the Kamchatka R. basfin fin the coastal and rfiver catches. Voprosy fikhtfiologfifi, 1986, vol. 26, fissue 4, pp. 600–609. (In Russfian)

Бугаев В.Ф. 1995. Азиатская нерка (пресноводный период жизни, структура локальных стад, динами- ка численности). М.: Колос. 464 с.

Bugaev V.F. Azfiatskaya nerka (presnovodnyfi perfiod zhfiznfi, struktura lokal’nykh stad, dfinamfika chfislennostfi) [Asfian Sockeye Salmon: Freshwater Lfife Perfiod, Structure of Local Herds, and Populatfion Dynamfics]. Moscow: Kolos, 1995, 464 p.

Бугаев В.Ф. 2010. Нерка реки Камчатки (биология, численность, промысел). Петропавловск-Камчат- ский: Камчатпресс. 232 с.

Bugayev V.F. Nerka rekfi Kamchatkfi (bfiologfiya, chfislennost, promysel) [Sockeye Salmon of the Kamchatka Rfiver. Lfife hfistory. Abundance. Utfilfizatfion]. Petropavlovsk- Kamchatskfiy: Kamchatpress, 2010, 232 p.

Варнавская Н.В. 2006. Генетическая дифференциа- ция популяций тихоокеанских лососей. Петропав- ловск-Камчатский: КамчатНИРО. 488 с.

Varnavskaya N.V. Genetficheskaya dfifferentsfiatsfiya populyatsfiy tfikhookeanskfikh lososey [Genetfic Dfifferentfiatfion of Pacfific Salmon Populatfions]. Petropavlovsk- Kamchatskfiy: KamchatNIRO, 2006, 488 p.

Васильковский М.Г. 1973. Ресурсы поверхностных вод. Т. 20. Камчатка. Л.: Гидрометеоиздат. 368 с. Вейр Б. 1995. Анализ генетических данных. М.: Мир. 400 с.

Vasfilkovskfiy M.G. Resursy poverkhnostnykh vod. T. 20. Kamchatka [Surface water resources, vol. 20, Kamchatka]. Lenfingrad: Gfidrometeofizdat, 1973, 368 p.

Глубоковский М.К. 1995. Эволюционная биология лососевых рыб. М.: Наука. 343 с.

Veyr B. Analfiz genetficheskfikh dannykh [Analysfis of genetfic data]. Moscow: Mfir, 1995, 400 p.

Горшкова Г.В. 1978. Хромосомный полиморфизм нерки озера Азабачьего / Тез. докл. II Всесоюз. совещ. по биохим. генетике, кариологическому полиморфизму и мутагенезу у рыб. 14–17 марта, Ленинград. М. С. 4–5.

Glubokovskfiy M.K. Evolyutsfionnaya bfiologfiya lososevykh ryb [Evolutfionafiy Bfiology of Salmonfid Ffishes]. Moskow: Nauka, 1995, 343 p.

Коновалов С.М. 1980. Популяционная биология тихоокеанских лососей. М.: Наука. 1980. 238 с.

Gorshkova G.V. Chromosomal polymorphfism of sockeye salmon of Lake Azabachy. Tez. dokl. II Vsesoyuz. soveshch. po bfiokhfim. genetfike, karfiologficheskomu polfimorfizmu fi mutagenezu u ryb [Abstracts II All- Unfion. conference on bfiochemfical genetfics, karyologfical polymorphfism and mutagenesfis fin fish]. Lenfingrad, 1978, pp. 4–5. (In Russfian)

Крогиус Ф.В. 1970. О различных типах чешуи красной Oncorhynchus пеrkа (Walb.) в бассейне р. Камчатка и времени образования годового кольца // Изв. ТИНРО. Т. 74. С. 67–81.

Konovalov S.M. Populyatsfionnaya bfiologfiya tfikhookeanskfikh lososey [Populatfional Bfiology of Pacfific Salmons]. Lenfingrad: Nauka Publfishers, 1980, 237 p.

Крогиус Ф.В. 1983. Сезонные расы красной Oncorhynchus nerka (Walb.) и ее нерестилища в водоемах Камчатки / Биологические основы раз- вития лососевого хозяйства в водоемах СССР. М.: Наука. С. 18–31.

Krogfius F.V. On the varfious scake types of the red salmon, Oncorhynchus nerka (Walbaum), fin the basfin of the Kamchatka R. and the tfime of formatfion of the annulus. Izvestfiya TINRO, 1970, vol. 74, pp. 67–81. (In Russfian)

Куренков И.И. 1972. Гидробиологическая характеристика оз. Азабачье по материалам 1949–1963 гг. // Изв. ТИНРО. Т. 82. С. 33–49.

Krogfius F.V. Sezonnyye rasy krasnoy Oncorhynchus nerka (Walb.) fi eye nerestfilfishcha v vodoyemakh Kamchatkfi [Seasonal races of the red salmon, Oncorhynchus nerka (Walb.), and fits spawnfing grounds fin Kamchatka waters]. In: Bfiologfical Prfincfiples of the Development of the Salmon Ffishery fin USSR Waters. Moscow: Nauka Publfishers, 1983, pp. 18–31. (In Russfian)

Куренков И.И. 2005. Зоопланктон озер Камчатки. Петропавловск-Камчатский: КамчатНИРО. 178 с.

Kurenkov I.I. Gydrobfiologfical characterfistfics of Lake Azabachye, based on data for 1949–1963. Izvestfiya TINRO, 1972, vol. 82, pp. 33–49. (In Russfian)

Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. 1984. Молекулярное клонирование. М.: Мир. 479 с.

Kurenkov I.I. Zooplankton ozer Kamchatkfi [Zooplankton of Kamchatka Lakes]. Petropavlovsk-Kamchatskfiy: KamchatNIRO, 2005, 178 p.

Пильганчук О.А., Шпигальская Н.Ю. 2013. Популяционно-генетическая дифференциация нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum, 1792) восточного побережья Камчатки // Биология моря. Т. 39. № 5. С. 371–379.

Manfiatfis T., Frfich E., Sambruk G. Metody genetficheskoy finzhenerfifi. Molekulyarnoe klonfirovanfie [Methods of Genetfic Engfineerfing. Molecular Clonfing]. Moscow: Mfir, 1984, 479 p.

Пильганчук О.А., Шпигальская Н.Ю., Савенков В.В., Сараванский О.Н., Базаркин Г.В., Ельни- ков А.Н. 2013. Изменчивость микросателлитных локусов нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum, 1792) восточного побережья Камчатки // Биология моря. Т. 39. № 4. С. 272–280.

Pfilganchuk O.A., Shpfigalskaya N.Yu. Genetfic dfifferentfiatfion of sockeye salmon Oncorhynchus nerka (Walbaum, 1792) populatfions of Eastern Kamchatka. Russfian Journal of Marfine Bfiology, 2013, vol. 39, no. 5, pp. 371–379. (In Russfian.) DOI:10.1134/S1063074013050052

Пустовойт С.П. 1993. Генетическая гетерогенность нерестового стада нерки, Oncorhynchus nerka (Walb.), р. Камчатка // Генетика. Т. 29. №. 5. С. 808–819.

Pfilganchuk O.A., Shpfigalskaya N.Yu., Savenkov V.V., Saravanskfiy O.N., Bazarkfin G.V., Elnfikov A.N. Mficrosatellfite DNA varfiatfion fin sockeye salmon Oncorhynchus nerka (Walbaum, 1792) populatfions of Eastern Kamchatka. Russfian Journal of Marfine Bfiology, 2013, vol. 39, no. 4, pp. 272–280. (In Russfian.) DOI:10.1134/S1063074013040081

Пустовойт С.П., Макоедов А.Н. 1992. Генетическая и фенетическая изменчивость нерки, Oncorhynchus nerka (Walbaum), р. Камчатка // Генетика. Т. 28. № 6. С. 141–149.

Pustovofit S.P. Heterogenefity of the Spawnfing Run of Sockeye Salmon Oncorhynchus nerka (Walbaum) from the Kamchatka Rfiver. Genetfika, 1993, vol. 29, no. 5, pp. 808–819. (In Russfian)

Хрусталева А.М. 2018. Исследование приспособи- тельного характера полиморфизма главного ком- плекса гистосовместимости (МНС) по однонукле- отидным заменам в популяциях азиатской нерки. Сообщ. 2. Факторы, определяющие изменчивость гена Onne-DAB в бассейне реки Камчатка // Гене- тика. Т. 54. № 11. С. 1298–1308.

Pustovofit S.P., Makoedov A.N. Genetfic and Phenetfic Varfiatfions fin the Populatfion of Chum Salmon Oncorhynchus keta (Walbaum) from the Kamchatka Rfiver. Genetfika, 1992, vol. 28, no. 6, pp. 141–149. (In Russfian)

Хрусталева А.М., Пономарева Е.В., Пономарева М.В., Шубина Е.А., Углова Т.Ю., Кловач Н.В. 2018. Исследование приспособительного характера полиморфизма главного комплекса гистосовместимости (МНС) по однонуклеотидным заменам в по- пуляциях азиатской нерки. Сообщ. 1. В популяциях нерки рек Озерная и Камчатка действуют разные формы отбора. Генетика. Т. 54. № 10. С. 1177–1187.

Khrustaleva A.M. Adaptfive Nature of Major Hfistocompatfibfilfity Complex (MHC) Polymorphfism Inferrfing from Sfingle Nucleotfide Substfitutfions fin Asfian Sockeye Salmon Populatfions. II. Factors Determfinfing Onne-DAB gene Varfiabfilfity fin Kamchatka Rfiver. Genetfika, 2018, vol. 54, no. 11, pp. 1298–1308. (In Russfian)

Banks M.A., Bloufin M.S., Baldwfin B.A., Rashbrook V.K., Ffitzgerald H.A., Blankenshfip S.M., Hedgecock D. 1999. Isolatfion and finherfitance of novel mficrosatellfites fin chfinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) // J. Hered. Vol. 90. P. 281–288.

Khrustaleva A.M., Ponomareva E.V., Ponomareva M.V., Shubfina E.A., Uglova T.Y., Klovach N.V. Adaptfive nature of major hfistocompatfibfilfity complex (MHC) polymorphfism finfer-rfing from sfingle nucleotfide substfitutfions fin Asfian sockeye salmon populatfions. I. Dfifferent forms of selectfion act fin sockeye salmon populatfions from Ozernaya and Kamchatka rfivers. Genetfika, 2018, vol. 54, no. 10, pp. 1177–1187. (In Russfian)

Beacham T.D., McIntosh B., MacConnachfie C., Mfiller K.M., Wfithler R.E., Varnavskaya N.V. 2006a. Pacfific Rfim populatfion structure of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) as determfined from mficrosatellfite analysfis // Trans. Amer. Ffish. Soc. Vol. 135. P. 174–187.

Banks M.A., Bloufin M.S., Baldwfin B.A., Rashbrook V.K., Ffitzgerald H.A., Blankenshfip S.M., Hedgecock D. Isolatfion and finherfitance of novel mficrosatellfites fin chfinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha). J. Hered, 1999, vol. 90, pp. 281–288.

Beacham T.D., Varnavskaya N.V., McIntosh B., Mac- Connachfie C. 2006b. Populatfion structure of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) from Russfia determfined wfith mficrosatellfite DNA varfiatfion // Trans. Amer. Ffish. Soc. Vol. 135. P. 97–109.

Beacham T.D., McIntosh B., MacConnachfie C., Mfiller K.M., Wfithler R.E., Varnavskaya N.V. Pacfiffic Rfim populatfion structure of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) as determfined from mficrosatellfite analysfis. Trans. Amer. Ffish. Soc., 2006, vol. 135. P. 174–187.

Benjamfinfi Y., Hochberg Y. 1995. Controllfing the false dfiscovery rate: a practfical and powerful approach to multfiple testfing // Journal of the Royal Statfistfical Socfiety B. Vol. 57 (1). P. 289–300.

Beacham T.D., Varnavskaya N.V., McIntosh B., Mac- Connachfie C. Populatfion structure of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) from Russfia determfined wfith mficrosatellfite DNA varfiatfion. Trans. Amer. Ffish. Soc., 2006, vol. 135, pp. 97–109.

Excoffier L., Laval G., Schnefider S. 2005. Arlequfin ver. 3.0: An fintegrated software package for populatfion genetfics data analysfis // Evol. Bfiofinformatfics Onlfine. Vol. 1. P. 47–50.

Benjamfinfi Y., Hochberg Y. Controllfing the false dfiscovery rate: a practfical and powerful approach to multfiple testfing. Journal of the Royal Statfistfical Socfiety B. 1995, vol. 57 (1), pp. 289–300.

Lewfis P.O., Zaykfin D.Yu. 2001. Genetfic data analysfis: computer program for the analysfis of allelfic data. http://lewfis.eeb.uconn.lewfishome/software.html.

Excoffier L., Laval G., Schnefider S. Arlequfin ver. 3.0: An fintegrated software package for populatfion genetfics data analysfis. Evol. Bfiofinformatfics Onlfine, 2005, vol. 1, pp. 47–50.

Nefi M. 1987. Molecular evolutfionary genetfics. N.Y.: Columbfia Unfiv. press. 512 p.

Lewfis P.O., Zaykfin D.Yu. Genetfic data analysfis: computer program for the analysfis of allelfic data, 2001. Avafilable at: http:/lewfis.eeb.uconn.lewfishome/software.html

Nelson R.J., Beacham T.D. 1999. Isolatfion cross specfies amplfifficatfion of mficrosatellfite locfi useful for study of Pacfific salmon // Anfimal Genetfics. Vol. 30. P. 228–229.

Nefi M. Molecular evolutfionary genetfics. N.Y.: Columbfia Unfiv., 1987, 512 p.

Olsen J.B., Wfilson S.L., Kretschmer E.J., Jones K.C., Seeb J.E. 2000. Characterfizatfion of 14 tetranucleotfide mficrosatellfite locfi derfived from sockeye salmon // Mol. Ecol. Vol. 9. P. 2185–2187.

Nelson R.J., Beacham T.D. Isolatfion cross specfies amplfificatfion of mficrosatellfite locfi useful for study of Pacfific salmon. Anfimal Genetfics, 1999, vol. 30, pp. 228–229.

Prfitchard J.K., Stefens M., Donnelly P. 2000. Inference of populatfion structure usfing multfilocus genotype data // Genetfics. Vol. 155. P. 945–959.

Olsen J.B., Wfilson S.L., Kretschmer E.J., Jones K.C., Seeb J.E. Characterfizatfion of 14 tetranucleotfide mficrosatellfite locfi derfived from sockeye salmon. Mol. Ecol., 2000, vol. 9, pp. 2185–2187

Rexroad III C.E., Coleman R.L., Gustafson A.L., Hershberger W.K., Kfillefer J. 2002. Development of rafinbow trout mficrosatellfite markers from repeat enrfiched lfibrarfies // Mar. Bfiotechnol. Vol. 4 (1). P. 12–16.

Prfitchard J.K., Stefens M., Donnelly P. Inference of populatfion structure usfing multfilocus genotype data. Genetfics, 2000, vol. 155, pp. 945–959.

Sambrook J., Frfitsch E.F., Manfiatfis T. 1989. Molecular Clonfing: A Laboratory Manual. N.Y.: Cold Sprfing Harbor Lab. Press. 1626 p.

Rexroad III C.E., Coleman R.L., Gustafson A.L., Hershberger W.K., Kfillefer J. Development of rafinbow trout mficrosatellfite markers from repeat enrfiched lfibrarfies. Mar. Bfiotechnol, 2002, vol. 4 (1), pp. 12–16.

Schnefider S., Roesslfi D., Excoffier L. 2000. Arlequfin ver. 2.000: A software for populatfion genetfics data analysfis. Genetfics and Bfiometry Laboratory. Unfiv. Geneva. Swfitzerland.

Sambrook J., Frfitsch E.F., Manfiatfis T. Molecular Clonfing: A Laboratory Manual. N.Y.: Cold Sprfing Harbor Lab. Press, 1989, 1626 p.

Smfith C.T., Koop B.F., Nelson R.J. 1998. Isolatfion and characterfizatfion of coho salmon (Oncorhynchus kfisutch) mficrosatellfites and thefir use fin other salmonfids // Mol. Ecol. Vol. 7. P. 1613–1621.

Schnefider S., Roesslfi D., Excoffier L. Arlequfin ver. 2.000: A software for populatfion genetfics data analysfis. Genetfics and Bfiometry Laboratory. Unfiv. Geneva. Swfitzerland, 2000.

Sokal R.R., Mfichener C.D. 1958. A statfistfical method for evaluatfing systematfic relatfionshfips. In: Unfiversfity of Kansas Scfience Bulletfin. P. 1409–1438.

Smfith C.T., Koop B.F., Nelson R.J. Isolatfion and characterfizatfion of coho salmon (Oncorhynchus kfisutch) mficrosatellfites and thefir use fin other salmonfids. Mol. Ecol., 1998, vol. 7, pp. 1613–1621.

Wfillfiamson K.S., Cordes J.F., May B. 2002. Characterfizatfion of mficrosatellfite locfi fin chfinook salmon (Oncorhyncus tshawytscha) and cross-specfies amplfificatfion fin other salmonfids // Mol. Ecol. Notes. Vol. 2. P. 17–19.

Sokal R.R., Mfichener C.D. A statfistfical method for evaluatfing systematfic relatfionshfips. In: Unfiversfity of Kansas Scfience Bulletfin, 1958, pp. 1409–1438.

Wfillfiamson K.S., Cordes J.F., May B. Characterfizatfion of mficrosatellfite locfi fin chfinook salmon (Oncorhyncus tshawytscha) and cross-specfies amplfificatfion fin other salmonfids. Mol. Ecol. Notes, 2002, vol. 2, pp. 17–19.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.