Популяционно-генетическое разнообразие кижуча (Oncorhynchus kisutch Walbaum) на азиатской части ареала по результатам анализа микросателлитных локусов
https://doi.org/10.15853/2072-8212.2023.71.23-33
Аннотация
Впервые исследован полиморфизм 10 ядерных микросателлитных локусов в популяциях кижуча на азиатской части ареала. Выявлены три генетически обособленных региональных комплекса стад: камчатский, североохотоморский и сахалинский. Показано, что для всех популяций вне зависимости от их географического положения характерен высокий уровень генетического полиморфизма.
Ключевые слова
кижуч (Oncorhynchus kisutch Walbaum),
микросателлиты,
генетическое разнообразие,
полиморфизм ядерных локусов
При поддержке: авторы признательны сотрудникам ФГБНУ «ВНИРО» и его Камчатского, Магаданского и Хабаровского филиалов, принимавших участие в сборе материала на Камчатке и материковом побережье Охотского моря, а также Е.А. Кирилловой (Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН) за сбор образцов на острове Сахалин. Работа выполнена в рамках госзадания ФГБНУ «ВНИРО» и при поддержке гранта Минобрнауки РФ (Соглашение № 075-15-2021-1084).
Об авторах
В. А. Сошнина
Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО)
Россия
Россия
Сошнина Валерия Александровна — гл. специалист отдела молекулярной генетики
Москва
Д. А. Зеленина
Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО)
Россия
Россия
Зеленина Дарья Александровна — канд. биол. наук, вед. науч. сотрудник отдела молекулярной генетики
Москва
Список литературы
1. Зеленина Д.А., Сошнина В.А., Сергеев А.А. 2020. Филогеография и митохондриальный полиморфизм кижуча азиатских стад // Молекулярная биология. Т. 54. С. 997–1005.
2. Зорбиди Ж.Х. 2010. Кижуч азиатских стад. Петропавловск-Камчатский: КамчатНИРО. 206 с.
3. Пустовойт С.П. 1995. Особенности генетической структуры кижуча Oncorhynchus kisutch (Walbaum) // Генетика. Т. 31. С. 709–714.
4. Beacham T.D., Miller K.M., Withler R.E. 1996. Minisatellite DNA variation and stock identification of coho salmon // J. Fish Biol. Vol. 49. P. 411–429.
5. Evanno G., Regnaut S., Goudet J. 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the software structure: a simulation study // Mol. Ecol. Vol. 14. P. 2611–2620.
6. Ivanova N.V., deWaard J., Hebert P.D.N. 2006. An inexpensive, automation-friendly protocol for recovering high-quality DNA // Mol. Ecol. Notes. Vol. 6. P. 998–1002.
7. Kalinowski S.T., Taper M.L., Marshall T.C. 2007. Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment // Mol. Ecol. Vol. 16. P. 1099–1106.
8. Li Y.L., Liu J.X. 2018. StructureSelector: a web based software to select and visualize the optimal number of clusters using multiple methods // Mol. Ecol. Res. Vol. 18. P. 176–177.
9. Nakamura Y., Shigenobu Y., Sugaya T., Kurokawa T., Saitoh K. 2013. Automated screening and primer design of fi sh microsatellite DNA loci on pyrosequencing data // Ichthyological research. Vol. 60. P. 184–187.
10. Nei M. 1987. Molecular evolutionary genetics. N.Y.: Columbia Univ. press. 512 p.
11. Olsen J.B., Wilson S.L., Kretschmer E.J., Jones K.C., Seeb J.E. 2000. Characterization of 14 tetranucleotide microsatellite loci derived from sockeye salmon // Mol. Ecol. Vol. 9 (12). P. 2185–2187.
12. Peakall R., Smouse P.E. 2006. GenAlEx 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research // Mol. Ecol. Notes. Vol. 6. P. 299–295.
13. Pritchard J., Stephens K., Donnely P. 2000. Inference of population structure from multilocus genotype data // Genetics. Vol. 155. P. 945–959.
14. Puechmaille S.J. 2016. The program structure does not reliably recover the correct population structure when sampling is uneven: subsampling and new estimators alleviate the problem // Mol. Ecol. Res. Vol. 16. P. 608–627.
15. Rougemont Q., Moore J.S., Leroy T., Normandeau E., Rondeau E.B., Withler R.E., Withler R.E., Van Doornik D.M., Crane P., Naish K.A., Garza J.C., Beacham T.D., Koop B.F., Bernatchez L. 2020. Demographic history shaped geographical patterns of deleterious mutation load in a broadly distributed Pacific Salmon // PLoS genetics. Vol. 16 (8). https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1008348
16. Smith C.T., Koop B.F., Nelson R.J. 1998. Isolation and characterization of coho salmon (Oncorhynchus kisutch) microsatellites and their use in other salmonids // Mol. Ecol. Vol. 7. P. 1614–1616.
17. Smith C.T., Nelson R.J., Wood C.C., Koop B.F. 2001. Glacial biogeography of North American coho salmon (Oncorhynchus kisutch) // Mol. Ecol. Vol. 10. P. 2775–2785.
18. Williamson K.S., Cordes J.F., May B. 2002. Characterization of microsatellite loci in Chinook salmon (Oncorhynchus tschawytscha) and cross-species amplifi cation in other salmonids // Mol. Ecol. Notes. Vol. 2 (1). P. 17–19.
Рецензия
Для цитирования:
Сошнина В.А., Зеленина Д.А. Популяционно-генетическое разнообразие кижуча (Oncorhynchus kisutch Walbaum) на азиатской части ареала по результатам анализа микросателлитных локусов. Исследования водных биологических ресурсов Камчатки и северо-западной части Тихого океана. 2023;(71):23-33. https://doi.org/10.15853/2072-8212.2023.71.23-33
For citation:
Soshnina V.A., Zelenina D.A. Population genetic diversity of coho salmon (Oncorhynchus kisutch Walbaum) in the Asian part of its range based on the results of microsatellite loci analysis. The researches of the aquatic biological resources of Kamchatka and the North-West Part of the Pacific Ocean. 2023;(71):23-33. (In Russ.) https://doi.org/10.15853/2072-8212.2023.71.23-33
Просмотров:
155
Послать статью по эл. почте 