Генетические особенности нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum, 1792) островных популяций российской части ареала

Исследовано генетическое разнообразие нерки Курильских  ( о -ва  Итуруп,  Уруп,  Парамушир,  Шумшу)  и Командорских островов ( о.  Беринга )  по семи микросателлитным локусам . Средние оценки наблюдаемой гетерозиготности  по  разным  локусам  варьировали  от 0,300 до 0,858.  Общая оценка  генетической   дифференциации  θ_st  составила  15%,  с 95%- м  доверительным   бутстреп-интервалом  (10,40–21,18%).  Результаты,  полученные  в программе BOTTLENECK 1.2.02, позволили выявить прохождение всеми  островными популяциями  «бутылочного горлышка». Показано, что все пять исследованных  популяций  значительно  различаются друг от друга ,  и  каждой  из  них  присущи  свои уникальные  свойства.  Уровень  внутрипопуляционного  разнообразия ,  выявленный  у  нерки  Курил  и Командор ,  является  существенно  ниже такового  в  материковых  водоемах , что в целом характерно для  популяций,  обитающих на окраинах ареала.

1. Алтухов Ю.П., Салменкова Е.А., Курбатова О.Л., Политов Д.В., Евсюков А.Н., Жукова О.В., Захаров И.А., Моисеева И.Г., Столповский Ю.А., Пухальский В.А., Поморцев А.А., Упелниек В.П., Калабушкин Б.А. 2004. Динамика популяционных генофондов при антропогенных воздействиях. М.: Наука. 620 с.

2. Афанасьев К.И., Рубцова Г.А., Малинина Т.В., Салменкова Е.А., Омельченко В.Т., Животовский Л.А. 2006. Микросателлитная изменчивость и дифференциация популяций кеты (Oncorhynchus keta Walbaum), воспроизводимых сахалинскими рыбоводными заводами // Генетика. Т. 42, № 12. С. 1694–1702.

3. Бугаев В.Ф. 1995. Азиатская нерка (пресноводный период жизни, структура локальных стад, динамика численности). М.: Колос. 464 с.

4. Бугаев В.Ф. 2011. Азиатская нерка-2 (биологическая структура и динамика численности локальных стад в конце XX – начале XXI вв.). Петропавловск-Камчатский: Камчатпресс. 380 с.

5. Варнавская Н.В. 2006. Генетическая дифференциация популяций тихоокеанских лососей. Петропавловск-Камчатский: КамчатНИРО. 488 с.

6. Вейр Б. 1995. Анализ генетических данных. М.: Мир. 400 с.

7. Галинская Т.В., Щепетов Д.М., Лысенков С.Н. 2019. Предубеждения о микросателлитных исследованиях и как им противостоять // Генетика. Т. 55. № 6. С. 1–16. doi: https://doi.org/10.1134/S0016675819060043

8. Глубоковский М.К. 1995. Эволюционная биология лососевых рыб. М.: Наука. 343 с.

9. Ивантер Э.В. 2012. Основы зоогеографии. Петрозаводск: ПетрГУ. 500 с.

10. Коновалов С.М. 1980. Популяционная биология тихоокеанских лососей. М.: Наука. 238 с.

11. Левонтин Р.С. 1978. Генетические основы эволюции. М.: Мир. 351 с.

12. Майр Э. 1968. Зоологический вид и эволюция: Пер. с англ. М.: Мир. 597 с.

13. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. 1984. Молекулярное клонирование. М.: Мир. 479 с.

14. Пильганчук О.А., Савенков В.В., Денисенко А.Д., Муравская У.О. 2022. Генетическая дифференциация нерки (Oncorhynchus nerka) юго-западного побережья Камчатки / Генетические процессы в популяциях : Матер. науч. конф. с междунар. участием (11–14 октября 2022 г.). М.: Ваш формат. 150 с.

15. Пильганчук О.А., Шпигальская Н.Ю. 2013. Популяционно-генетическая дифференциация нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum, 1792) восточного побережья Камчатки // Биология моря. Т. 39, № 5. С. 371–379.

16. Пильганчук О.А., Шпигальская Н.Ю., Савенков В.В., Сараванский О.Н., Базаркин Г.В., Ельников А.Н. 2013. Изменчивость микросателлитных локусов нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum, 1792) восточного побережья Камчатки // Биология моря. Т. 39, № 4. С. 272–280.

17. Черешнев И.А., Волобуев В.В., Шестаков А.В., Фролов С.В. 2002. Лососевидные рыбы Северо-Востока России. Владивосток: Дальнаука. 496 с.

18. Botstein D., White R.L., Skolnick M.H., Davis R.W. 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms // Am. J. Hum. Genet. Vol. 32. P. 314–331.

19. Burgner R.L. 1991. Life History of Sockeye Salmon (Oncorhynchus nerka) / Groot C., Margolis L. [eds.] Pacific Salmon Life Histories. University of British Columbia. Vancouver: UBC Press. P. 1–118.

20. Cornuet J.M., Luikart G. 1996. Description and power analysis of two tests for detecting recent population bottlenecks from allele frequency data // Genetics. Vol. 144. P. 2001–2014.

21. Di Rienzo A., Peterson A.C., Garza J.C., Valdes A.M., Slatkin M., Freimer N.B. 1994. Mutational process of simple-sequence repeat loci in human populations // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Vol. 91. P. 3166–3170.

22. Dobzhansky Th. 1951. Genetics and the origin of species. 3rd ed., rev. Columbia. N.Y. 353 p.

23. Excoffi er L., Lischer H.E.L. 2010. Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows // Mol. Ecol. Res. Vol. 10. P. 564–567. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x

24. Goudet J. 1995. FSTAT (version 1.2): a computer program to calculate F-statistics // J. Heredity. Vol. 86. P. 485–486.

25. Lewis P.O., Zaykin D. 2001. Genetic data analysis: computer program for the analysis of allelic data. Version 1.0 (d16c). Free program distributed by the authors over the internet from http://lewis.eeb.uconn.edu/lewishome/software.html.

26. Luikart G., Cornuet J.M. 1998. Empirical evaluation of a test for identifying recently bottlenecked populations from allele frequency data // Conservat. Biol. Vol. 12. P. 223–237.

27. Nei M. 1987. Molecular evolutionary genetics. N.Y.: Columbia Univ. press. 512 p.

28. Nelson R.J., Beacham T.D. 1999. Isolation cross species amplifi cation of microsatellite loci useful for study of Pacific salmon // Animal Genetics. Vol. 30. P. 228–229.

29. Olsen J.B., Wilson S.L., Kretschmer E.J., Jones K.C., Seeb J.E. 2000. Characterization of 14 tetranucleotide microsatellite loci derived from sockeye salmon //Mol. Ecol. Vol. 9. P. 2185–2187.

30. Peakall R., Smouse P.E. 2006. GenAlEx 6: Genetic analysis in excel. population genetic software for teaching and research // Mol. Ecol. Vol. 6. P. 288–295.

31. Piry S., Luikart G., Cornuet J.M. 1999. Bottleneck: a computer program for detecting recent reductions in the effective population size using allele frequency data // J. Heredity. Vol. 90. P. 502–503.

32. Pritchard J.K., Stefens M., Donnelly P. 2000. Inference of population structure using multilocus genotype data // Genetics. Vol. 155. P. 945–959.

33. Smith C.T., Koop B.F., Nelson R.J. 1998. Isolation and characterization of coho salmon (Oncorhynchus kisutch) microsatellites and their use in other salmonids // Mol. Ecol. Vol. 7. P. 1613–1621.

34. Williamson K.S., Cordes J.F., May B. 2002. Characterization of microsatellite loci in Chinook salmon (Oncorhyncus tshawytscha) and crossspecies amplification in other salmonids // Mol. Ecol. Notes. Vol. 2. P. 17–19.